با توجه به اینکه هپاتیت اتوایمیون یک بیماری قابل درمان می باشد و تاخیر در تشخیص و درمان می تواند منجر به عوارض جدی برای فرد بشود لذا در هر بیماری که با هپاتیت و افزایش آنزیم های کبد مراجعه می کند بخصوص در خانم ها باید به فکر اتوایمیون هپاتیت باشیم. برای تشخیص بیماری علاوه بر شرح حال و معاینه فیزیکی از روش های پارا کلینیک نیز باید اسستفاده کرد

1. آزمایش CBC, ESR که ممکن است لوکوپنی، آنمی، ترومبوسیتوپنی و افزایش ESR دیده شود
2. AST, ALT, Alb, Total Protein, PTT, PT, INR,ALK, BIL,GGT
3. بررسی اتوآنتی بادی ها شامل ANA, ASMA, Anti LKM1, Antibodies to soluble liver antigen (anti-SLA)
4. سونوگرافی کبد
5. بیوپسی کبد : تشخیص قطعی بیماری با بیوپسی کبد می باشد

البته در بیماری که با هپاتیت مراجعه می کند باید بیماری های دیگر مثل هپاتیت های ویروسی و بیماری ویلسون را در نظر داشت و آزمایشات لازم را درخواست کرد. در مواردی که میزان الکالن فسفاتاز بیشتر از 7 برابر نرمال باشد ویا میزان GGT بیشتر از 2 تا 3 برابر نرمال باشد نیاز به انجام MRCP می باشد.