رعایت بهداشت در آماده کردن شیرخشک برای یک شیرخوار از اهمیت بالایی برخوردار می باشد و در صورت عدم رعایت این مسئله در خیلی از موارد باعث آلوده شدن شیر و انتقال عفونت به شیر خوار می شویم . 50% از مادران قبل از آماده کردن شیر دست های خود را نمی شویند و 20% از مادران تنها به شستن سر شیشه شیر خوار با آب بسنده می کنند. 70% از مادران هیچگونه آموزشی در جهت روشهای صحیح تهیه شیر خشک از طرف سیستم های بهداشتی دریافت نمی کنند.
مادر قبل از آماده کردن شیر می بایست ابتدا دست هایش را با آب و صابون بشوید و شیشه و سر شیشه نیز با ید با آب و برس مخصوص شسته شود. در شیر خواران زیر 3 ماه بهتر است که شیشه و سر شیشه و سایر وسایل استریل شوند. برای استریل کردن می توان از جوشاندن وسایل، مواد استریل کننده و یا مایکروویو استفاده کرد که بهترین و مقرون به صرفه ترین روش، جوشاندن در آب جوش به مدت 5 دقیقه می باشد.